Período colonial

Inicio de la actividad económica
Artículo principal: Economía de Honduras.
La derrota de Lempira, el establecimiento del obispado, por primera vez en Trujillo y después en Comayagua, así como el fin de la lucha entre las facciones rivales españolas, contribuyeron a la colonización y al aumento de la actividad económica de Honduras, en la década de 1540. Se desarrollaron en el país una variedad de actividades agrícolas, incluyendo la cría de ganado y, por un tiempo, la recolección de grandes cantidades de zarzaparrilla. Pero la actividad económica más importante de Honduras del siglo XVI fue la exportación de oro y plata.
La actividad minera le dio a Gracias tal importancia, que en 1543 se convirtió en la capital de la Audiencia de los Confines, creada por Carlos I y que abarcaba toda Centroamérica. Esta decisión creó resentimiento en los centros más poblados de Guatemala y El Salvador.
En 1549, la capital de la Audiencia fue trasladada a Antigua, Guatemala y así Honduras fue gobernada por esta Audiencia hasta 1552 y después pasó a depender de la Capitanía General de Guatemala.
En 1540 se descubrió oro y plata en el valle del Río Guayape. Esto contribuyó al declive de Gracias y al ascenso de Comayagua como principal centro de Honduras. La demanda de la mano de obra aumentó, y esto aceleró la decimación de la población nativa. Como resultado de esto, fueron introducidos en el país los esclavos provenientes de África. Otros depósitos de oro fueron encontrados cerca de San Pedro Sula y el puerto de Trujillo.
La producción minera comenzó a declinar en 1560, y con ello la importancia de Honduras. A comienzos de 1569, nuevos descubrimientos de plata revivieron brevemente la economía, lo que llevó a la fundación de Tegucigalpa, que pronto comenzó a rivalizar Comayagua como la ciudad más importante de la provincia. El auge de la plata alcanzó su punto máximo en 1584, y la depresión económica regresó poco después. Esfuerzos de minería en Honduras, se vieron obstaculizados por la falta de capital, mano de obra y las dificultades del terreno. El mercurio, vital para la producción de plata, era escaso, además de la negligencia de los funcionarios.
[editar]Defensa de Honduras
Artículo principal: Fortaleza de San Fernando.

El Olonés atacó la ciudad de San Pedro Sula
Uno de los grandes problemas para los gobernantes españoles de Honduras, fue la actividad de los ingleses en el norte de Honduras. Estas actividades comenzaron en el siglo XVI y continuaron hasta siglo XIX. En los primeros años, piratas europeos atacaron de forma frecuente los poblados del Caribe hondureño. En 1643 una expedición inglesa destruyó la ciudad de Trujillo, el principal puerto de Honduras. Además, los ingleses hicieron enormes esfuerzos para implantar colonias a partir del siglo XVII en las Islas de la Bahía y el norte de Honduras con la ayuda de los Sambos y los Misquitos quienes atacaban los asentamientos españoles.
A principios del siglo XVIII, la dinastía borbónica, vinculados a los gobernantes de Francia, sustituyeron a los Habsburgo en el trono de España. La nueva dinastía, inició una serie de reformas en todo el imperio, diseñado para hacer la administración más eficiente y rentable, y para facilitar la defensa de las colonias. Entre estas reformas se observó una reducción en el impuesto sobre los minerales preciosos y en el costo de mercurio, que era un monopolio real. En Honduras, estas reformas contribuyeron al resurgimiento de la industria minera en la década de 1730. Bajo los Borbones, el gobierno español hizo varios esfuerzos, para recuperar el control sobre la costa del Caribe.
En 1752, fue construido el fuerte de San Fernando de Omoa. En 1780, los españoles regresaron a Trujillo, que comenzó a desarrollarse como base de operaciones contra los asentamientos británicos hacia el este. Durante la década de 1780, los españoles recuperaron el control sobre las Islas de la Bahía y sacaron a la mayoría de los británicos y sus aliados de la zona de Río Negro. La Convención anglo-española de 1786, dictó el reconocimiento definitivo de la soberanía española sobre la costa del Caribe.